Model iPhone SE manji je samo po dimenzijama, ali ne i po performansama – u njegovoj se jezgri nalazi napredni čip A9 koji donosi spektakularnu brzinu i grafičke performanse za omiljene igre i aplikacije. Kućište od posebnog aluminija satenskog izgleda dizajnirano je kako bi savršeno pristajalo ruci, a blistavi 4-inčni zaslon daje jarke boje i oštre sliku. Mat ukošeni rubovi, boja i logo od nehrđajućeg čelika zaokružuju besprijekoran izgled. S moćnom 12-megapikselnom iSight kamerom korisnici mogu biti sigurni da će fotografije koje snimi iPhone SE biti oštre i detaljne poput onih snimljenih na iPhoneu 6s. Video funkcija uključuje snimanje u 4K rezoluciji, uz mogućnost naknadnog uređivanja snimaka. Retina zaslon iPhonea SE ne služi samo za pregledavanje snimljenih sadržaja, nego je ujedno i bljeskalica za FaceTime HD kameru. Sve fotografije i videozapisi, uvijek će biti s korisnikom zahvaljujući iCloud Foto knjižnici koja pohranjuje svaku sliku i video te ih čuva po datumima na svim njegovim uređajima. Touch ID čini otključavanje iPhonea SE jednostavnim i sigurnim putem otiska prsta, ali služi i za Apple Pay, funkciju plaćanja koja je dostupna u više od dva milijuna trgovina i unutar aplikacije. Pregledavanje weba, preuzimanje aplikacija i igara te protok video sadržaja omogućen je s brzinama većima nego na iPhoneu 5s, a putem Bluetootha iPhone SE može se povezati s Apple Watchom, vanjskim zvučnicima ili nekim drugim uređajima. Kao i ostali modeli, iPhone SE dolazi s velikim brojem predinstaliranih aplikacija, među kojima su i FaceTime za video pozive, kao i „turn-by-turn“ navigacija u realnom vremenu i aktualnim informacijama o prometu.